火红彩票

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                转录组测序/芯片

                1、简介

                    随着分子生物学的发展,芯片和测序已经成为研究基因的最广泛手段,由此也产生了海量的数据。NCBI GEO数据库收录了来自全世界的数据。这些数据中包含的丰富的生物学信息。我们通过一系列软件、工具对数据进行处理,会获得可能与疾病相关的关键基因,关键基因富集的通路№,调控关键基因的转录因子等关键信息,这将为机制研究和临床防治提供重要参考。

                2、流程图

                转录组数据分析流程图.png

                RNA-seq标准化分析条目:

                 (1) 对原始数据进行去除接头污染序列及低质量 reads 的处理

                 (2) 参考基因组比对

                 (3) 进行基因表达定量分析

                (4) 可变剪切分析(真核)

                (5) 新转录本预测

                (6) 差异表达基因分析(2个或者2个以上▂的样本)

                 (7) 差异基∩因的表达模式聚类分析

                 (8) 差异基因的GO功能富集分析和KEGG PATHWAY富集分析

                (9) SNP分析。



                3. 部分类似结果展示

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                示例图 火山图与热图

                示例图 PPI网络图


                示例图 功能富集分析,包括GO BP,CC,MF 和KEGG PATHWAY


                示例图 生存分析KM曲线图







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